Для ответа необходимо определиться с правом, по которому планирует дальше вести деятельность предприятие. 

Перегистрация предприятия согласно праву Украины производится на основании Приказа от 14.03.2014  № 525/5 «О проведении регистрационных действий по изменению местонахождения юридических лиц и места жительства физических лиц - предпринимателей» п. 1 которого определено «установить, что проведение регистрационных действий по изменению местонахождения юридических лиц и места жительства физических лиц - предпринимателей, местонахождением / местом жительством которых является Автономная Республика Крым и город Севастополь, осуществляется государственными регистраторами юридических лиц и физических лиц - предпринимателей регистрационных служб территориальных органов Министерства юстиции в областях и городе Киеве (далее - государственные регистраторы)».

Таким образом, предпринимателю стоит определить по какому праву продолжать работу.

Учитывая, что у ряда предприятий могут быть активы в Украине, то фискальные органы не будут принимать во внимание перерегистрацию предприятия согласно права РФ на основании  ФКЗ от 21 марта 2014 г «О принятии в Российскую Федерацию Республики Крым и образовании в составе Российской Федерации новых субъектов - Республики Крым и города федерального значения Севастополя».

Мы рекомендуем разделить активы предприятия путем создания украинского предприятия, которое будет заниматься активами в Украине.